الفهرس 
IntroductionOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 151 |  |  |
| | | from | 151 | | |
Abstract
”السودوموناس اريجينوزا هو ميكروب انتهازي وسبب سائد للعدوى الخطيرة خاصة في المستشفيات والمرضى الذين يعانون من نقص المناعة و هي بكتيريا مسئولة عن الكثير من العدوي مثل الالتهاب الرئوي ، والغرسات ، والجروح ، بالإضافة إلى الالتهابات المكتسبة من المستشفيات. تعتبر أنظمة الكريسبر كاز آليات مناعية مكتسبة في البكتيريا موجبة الجرام وسالبة الجرام وأيضًا في العتائق. أنها توفر مقاومة ومناعة ضد مهاجمة العاثيات أو العناصر الوراثية المتنقلة كعناصر الاقتران التكاملية وكذلك تحول البلازميد. كان هدفنا الرئيسي في هذه الدراسة هو اكتشاف أنظمة الكريسبر كاز في عزلات السودوموناس اريجينوزا ومعرفة ارتباطها بمقاومة المضادات الحيوية وتكوين الطبقة الحيوية والتكيف مع ظروف الإجهاد البيئي المختلفة. في هذه الدراسة، تم تصميم بادئات محددة جديدة لاستهداف الجينات التالية في كل نوع فرعي من الكريسبر كاز: جيناتcas5,cas7,cas8 للأنواع الفرعية I-F1و I-C وجينات cas5,cas7,cas11 للنوع الفرعي I-E. لقد تم إجراء اكتشاف كل نوع فرعي معروف من أنظمة الكريسبر كاز في السودوموناس اريجينوزا بطريقة تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدى بدلاً من التقنيات باهظة الثمن لتسلسل الجينوم الكامل. لقد تم اكتشاف أنظمة الكريسبر كاز في 26.2 ٪ من العزلات السريرية المجمعة وفي 12.5٪ من العزلات البيئية المجمعة بطريقة تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدى الاحادى. بالنسبة للعزلات السريرية ، كان النوع الفرعي الأكثر شيوعًا هو I-F1 (40.6٪) ثم I-C ( 31.3٪) وأخيراً I-E (28.1٪). بينما بالنسبة للعزلات البيئية ، كان النوع الفرعي الأكثر انتشارًا هو I-F1 (57.1٪) ثم النوع الفرعي I-C (42.9٪). لم يكن النوع الفرعي I-E موجودا في أي من العزلات البيئية التي تم جمعها. بعد الاكتشاف الناجح للجين المحدد لكل نوع فرعي من الكريسبر كاز في العزلات السريرية والبيئية الإيجابية بطريقة تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدى الاحادى، تم تحديد سلالات الكريسبر كاز الإيجابية والمزيد من الكشف عن النوع الفرعي في تفاعل واحد باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد. في هذا العمل ، تم اختيار عزلة إكلينيكية ممثلة عن كل نوع فرعي من الكريسبر كاز لتسلسل الجينات الثلاثة لكل نوع فرعي تم اكتشافه ، ثم تم اكتشاف التسلسلات التي تم الحصول عليها من الجينات المضخمة في الأنواع الفرعية I-F1 وI-E و I-C من الكريسبر كاز في 9 عزلات سريرية إيجابية الكريسبر كاز والتي تم اختيارها عشوائيا بنجاح علي أنها الجينات المتوقعة المقابلة (مطابقة بنسبة 100٪) باستخدام بحث ”” BLASTn ”” مقابل جينومات السودوموناس اريجينوزا. كما تم تحميل التسلسلات التي تم الحصول عليها إلى قاعدة بيانات DDBJ/EMBL/GenBank. علاوة على ذلك ، تم الكشف عن حساسية العزلات السريرية والبيئية الإيجابية والسلبية للكريسبر كاز للمضادات الحيوية المختلفة باستخدام طريقة Disc diffusion method . لقد وجد أن السلالات السريرية والبيئية إيجابية الكريسبر كاز كانت أكثر حساسية للبيبراسيلين من السلالات السلبية. بينما كانت السلالات الإكلينيكية والبيئية إيجابية الكريسبر كاز أكثر مقاومة للسيفيبيم من السلالات السلبية. كما لم نجد علاقة ارتباط ذات دلالة إحصائية بين الأنواع الفرعية من الكريسبر كاز في كل من العزلات السريرية والبيئية وحساسيتها للأنواع المختلفة من مضادات الميكروبات التي تم فحصها. في هذا العمل ، تم الكشف عن قدرة تكوين الطبقة الحيوية بين العزلات إيجابية الكريسبر كاز وغيرها من العزلات السريرية والبيئية السلبية المختارة عشوائياً من السودوموناس اريجينوزا باستخدام طريقة ””TCP””. لوحظ أن هناك علاقة قوية واضحة بين قدرة تكوين الأغشية الحيوية ووجود/عدم وجود أنظمة الكريسبر كاز في عزلات السودوموناس اريجينوزا الإكلينيكية ، لكن جميع العزلات البيئية من السودوموناس اريجينوزا الإيجابية والسلبية لأنظمة الكريسبركاز كانت غيرقادرة علي تكوين الطبقة الحيوية. في هذه الدراسة ، تم دراسة تأثير وجود أنظمة الكريسبر كاز في العزلات البيئية من بكتيريا السودوموناس اريجينوزا على التكيف مع ظروف الإجهاد البيئي المختلفة. لوحظ عدم وجود تأثير لأنظمة الكريسبر كاز في تكييف تلك العزلات البيئية من السودوموناس اريجينوزا مع ظروف الإجهاد البيئي المختلفة مثل الضغوط التناضحية والأكسدة والمعادن الثقيلة باستخدام كلوريد الصوديوم وبيروكسيد الهيدروجين وسلفات الزنك على التوالي. ”